Como director de la Nikolaischule y de la Thomasschule dirigió numerosas tesis doctorales, entre ellas la de su discípulo más conocido, Wilhem Leibniz (protagonista de una cruenta y extensa polémica internacional con Sir Isaac Newton por un supuesto plagio del modelo de cálculo infinitesimal), y la de un cierto Johann Michael Reinelius (del que nada más se sabe) sobre el plagio literario. En aquel tiempo, los estudiantes universitarios y su director compartían la autoría de los trabajos de investigación, a pesar de lo cual la Dissertatio de plagio literario (1673) ha sido conocida desde su primera publicación y a lo largo de sus múltiples reediciones y traducciones como el "libro de Thomasius". Verdadero best-seller de la Ilustración, la obra supuso el inicio de una oleada de tratados académicos y jurídicos sobre la cuestión. Durante el siglo siguiente, eruditos como Almaaloven, los (numerosos) Mencken, Bayle, Abercromby, Crenius o Schwarz establecieron la casuística, el inventario de modus operandi, de evidencias judiciales, antecedentes jurisprudenciales e incluso catálogos universales de malhechores.
Sin embargo, la obra de Thomasius (y de Reinelius) se abría con lo que parece una perogrullada: "el plagio literario es un asunto exclusivo de los hombres de letras", con una consecuencia que no es tan previsible: se trata de un asunto, por lo tanto, que sólo debe ser juzgado por ellos, pues sólo a los autores concierne. Es más, al tratarse más bien de un pecado literario que de un crimen, es, en sí mismo, indemostrable, es decir, inmune a las pruebas y evidencias judiciales. Sólo la conciencia del plagiario sabe que lo es.
La principal conclusión que sacan Thomasius y Reinelius tras trescientas páginas de erudición insaciable es ejemplar. En literatura, de poco sirve establecer una policía o unos tribunales literarios. Lo que urge es una política literaria, lo más severa y totalitaria posible, que se infiltre en las conciencias de los escritores, desde su más tierna infancia; una suerte de adoctrinamiento y vigilancia continuos sobre los comportamientos literarios que progresivamente supriman las textualidades desviadas, las malas filiaciones y las imitaciones perversas. Los instrumentos de los que deberían servirse los pedagogos de la Literatura -y es quizás aquí donde reside la genialidad de la propuesta de Thomasius y Reinelius, anticipándose a los situacionistas de Guy Debord, y más incluso a las propuestas marxistas- pasan por el control de los medios de representación antes que los de producción literaria. Es preciso controlar las ficciones, las imágenes y los símbolos de la Literatura, así como es necesario acuñar los avatares más infamantes y disuasorios de la reproducción incontrolada de lo escrito: difundir los avatares del criminal, hasta que las máscaras queden como únicos rostros posibles de lo prohibido.
